L’autorisation d’exploitation de l’usine était assortie de conditions, dont la construction de bassins d’épuration, ce qui ne sera réalisé qu’en 1890, après de nombreuses plaintes de riverains, des sociétés de pêche et plusieurs arrêtés préfectoraux.
Mais les installations se révèlent insuffisantes et les eaux résiduaires continuent à polluer la Nièvre. D’autres travaux entrepris vers 1900 calment les esprits mais les plaintes reprennent à partir de 1920.
Si la pollution chimique était indéniable, la pollution thermique n’était pas toujours du fait de l’usine qui rejetait parfois des eaux trop chaudes. Certaines années la canicule entraînait aussi l’appauvrissement de l’eau en oxygène provoquant ainsi la mort de nombreux poissons.
Les riverains ont parfois profité de la situation sachant que « Lambiotte » paierait.
